المنظمة فوق الوطنية هي اتحاد أو رابطة متعددة الجنسيات تتنازل فيها الدول الأعضاء طواعية عن جزء من سلطتها وسيادتها لهيئة إدارية مركزية. وعلى عكس التحالفات الدولية التقليدية التي تحتفظ فيها الدول باستقلاليتها الكاملة، تتخذ هذه المنظمات قرارات ملزمة قانوناً لجميع الدول المشاركة. يسمح هذا الهيكل للدول بمشاركة سلطة اتخاذ القرار في المسائل الداخلية والخارجية التي تؤثر على شعوبها مجتمعة.
تعمل هذه المنظمات من خلال وضع إطار من القواعد الدولية المصممة لتنظيم شؤون الدول الأعضاء، وغالباً ما يكون هدفها الأساسي منع النزاعات وتعزيز التعاون. ومن خلال الابتعاد عن نظام وستفاليا التقليدي، حيث لا تخضع الدول القومية لأي سلطة عليا، تمكن هذه المجموعات الدول الأعضاء من ممارسة تأثير جماعي أكبر في الشؤون العالمية مما يمكنها تحقيقه بشكل فردي.
تشمل الأمثلة البارزة على الكيانات فوق الوطنية الاتحاد الأوروبي ومنظمة التجارة العالمية. وفي حين توفر هذه المجموعات مزايا مثل تبسيط التجارة والاستقرار الدبلوماسي، فإنها تواجه أيضاً انتقادات. يجادل بعض المراقبين بأن الالتزام بهذه القواعد الملزمة يرقى إلى التنازل عن السيادة الوطنية، مما يؤدي إلى توترات بين تفويضات المنظمة والمصالح المحلية للدول الأعضاء الفردية.